Suharto sinh ngày 8 tháng 6 năm 1921 tại xóm Kemusuk của làng Godean. Làng này nằm cách 15 kilômét (9 mi) về phía tây của Yogyakarta- trung tâm văn hóa của người Java.[6][10] Cha mẹ ông là người Java thuộc tầng lớp nông dân, ông là con duy nhất trong cuộc hôn nhân thứ nhì của cha. Cha của Suharto là Kertosudiro, Kertosudiro có hai con từ cuộc hôn nhân trước, và là một công vụ viên thủy lợi của làng. Mẹ của Suharto là Sukirah, bà là một phụ nữ địa phương và có quan hệ họ hàng xa với Sultan Hamengkubuwono V qua người thiếp đầu của ông ta.[11]

Năm tuần sau khi sinh Suharto, mẹ của ông bị suy nhược thần kinh và ông được giao cho bà cô bên nội là Kromodirjo chăm sóc.[12] Kertosudiro và Sukirah ly hôn khi Suharto còn nhỏ và sau đó hai người đều tái hôn. Khi lên ba tuổi, Suharto được giao cho mẹ, lúc này bà đã kết hôn với một nông dân địa phương, và Suharto giúp đỡ gia đình trong việc đồng áng.[12] Đến năm 1929, cha của Suharto đưa ông đến sống cùng chị gái, người chị này khi đó đã kết hôn với một người giám sát nông nghiệp tên là Prawirowihardjo, họ sống tại thị trấn Wuryantoro trong một khu vực canh tác cằn cỗi và năng suất thấp gần Wonogiri. Trong hai năm sau, ông từng được cha dượng đưa về với mẹ tại Kemusuk rồi lại được cha đưa về Wuryantoro.[13]

Prawirowihardjo nuôi dưỡng em vợ, như là cha nuôi của Suharto và cho ông một gia đình ổn định tại Wuryantoro. Năm 1931, Suharto chuyển đến thị trấn Wonogiri để theo học tiểu học, lúc đầu sống cùng con trai của Prawirohardjo là Sulardi, và sau đó sống cùng một người có họ hàng với cha tên là Hardjowijono. Trong khi sống cùng Hardjowijono, Suharto quen biết với Darjatmo, một dukun (pháp sư) về thuật thần bí và chữa bệnh bằng đức tin Java, trải nghiệm này tác động sâu sắc đến ông.[6] Khó khăn trong việc trả học phí tại Wonogiri khiến ông chuyển về nhà cha tại Kemusuk, tại đây ông tiếp tục học tại một trường trung học của tổ chức Hồi giáo Muhammadiyah có học phí thấp tại thành phố Yogyakarta cho đến năm 1939.[13][14]

Giống như nhiều người Java, Suharto chỉ có một tên.[15] Trong các ngữ cảnh tôn giáo trong những năm gần đây, ông đôi khi được gọi là "Haji" hoặc "el-Haj Mohammed Suharto" song chúng không nằm trong tên chính thức của ông hay thường được sử dụng. "Suharto" phản ánh chính tả Indonesia hiện đại. Trong thời kỳ ông sinh, phiên âm tiêu chuẩn là "Soeharto" và ông ưa thích chính tả gốc. Báo chí Anh ngữ quốc tế thường sử dụng chính tả 'Suharto' trong khi chính phủ và truyền thông Indonesia sử dụng 'Soeharto'.[16]

Sự giáo dục của Suharto tương phản với các nhà dân tộc chủ nghĩa Indonesia hàng đầu như Sukarno, trong đó Suharto được cho là có ít quan tâm đến chống chủ nghĩa thực dân, hoặc quan tâm chính trị ngoài môi trường ngay quanh mình. Không giống như Sukarno và đồng giới của ông ta, Suharto có ít hoặc không có tiếp xúc với những người thực dân châu Âu. Do đó, ông không học để nói tiếng Hà Lan hoặc các ngôn ngữ châu Âu khác khi còn trẻ. Ông học nói tiếng Hà Lan sau khi được tuyển mộ vào quân đội Hà Lan năm 1940.[14][15]